离子色谱主要用于环境样品的分析，包括地面水、饮用水、雨水、生活污水和工业废水、酸沉降物和大气颗粒物等样品中的阴、阳离子，与微电子工业有关的水和试剂中痕量杂质的分析。

另外在食品、卫生、石油化工、水及地质等领域也有广泛的应用。

经常检测的常见离子有：

阴离子：F-, Cl-, Br-, NO2-,PO43-,NO3-,SO42-,甲酸，乙酸，草酸等。

阳离子：Li+, Na+, NH4+,K+, Ca2+,Mg2+, Cu2+, Zn2+, Fe2+, Fe3+等。

离子色谱仪分离测定常见的阴离子是它的专长，一针样品打进去，约在20分钟以内就可得到7个常见离子的测定结果，这是其他分析手段所无法达到的，关于阳离子的测定离子色谱法与AAS和ICP法相比则未显示出优越性。

其适用邻域：

环境：大气成分（粉尘、颗粒物、雾、酸气）、酸雨、水质分析

食品：污染成分、添加剂、固有成分、掺假、生产过程监控

农业：农药、肥料、土壤、饲料、粮食、植物分析

医学：血液、尿、输液成分、临床检查、人体微量元素分析

生物：蛋白质分离纯化、

制药：植物药材、矿物药成分、制剂成分分析

材料：金属材料、半导体材料、表面处理、超纯水分析

工业：原料分析、产品质量控制、电解电镀液解析、造纸

化工：原料和产品分析、反应过程监控

日化：化妆品、洗涤剂、清洁剂、原料和产品成分分析

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